在现代矿物学发展成熟之前，碧玺的颜色外观经常让人将其与其它宝石混淆，与其它宝石比较，碧玺能够呈现更多令人心动的颜色，历史上对于碧玺身分的混淆，来自其名称是源自斯里兰卡语〝toramolli〞，意指任何无法确定身分的黄色、绿色或褐色宝石。

绿色碧玺的颜色范围从强绿蓝色至绿-黄色。碧玺是双折射宝石，其折射率差从0.018至0.040，通常为0.020；折射率1.62~1.64；光学特征为负单轴。

碧玺的二色性颜色通常为与其体色相同色彩的中至强色调，许多宝石晶体的长向较横向吸收更多的光线，一个宝石晶体从侧边看为淡绿色，但从长向观察可能为深绿色，有时几乎是黑色。

许多绿色碧玺的净度为肉眼观察干净，部份会呈现猫眼现象，经常含有不规则、线状，单独存在或交错排列的液体和气体的内含物，也可能有似镜面的气体填充裂纹，长形中空或有时覆盖微小矿物晶体的生长管亦是典型内含物。

有些绿色碧玺其艳丽的颜色和典型的小尺寸可作为辨别特征，由巴西帕拉伊巴省所产，由铜元素致色的鲜艳蓝-绿色，通被称为〝霓虹绿〞，与一般的碧玺相较，它的色彩较饱和，色调较淡。一克拉以上的绿色及蓝-绿色帕拉伊巴碧玺是稀有的，且是市场上价值最高的绿色碧玺。由铜杂质致色的类似蓝-绿色碧玺亦产自奈及利亚。

利用裂缝填充处理来改善碧玺的净度外观已变得较普遍；另一种常见的处理是利用塑料来填补生长管，特别是在具有猫眼现象的宝石上；深绿色的碧玺可能经热处理来淡化体色，而此种处理结果是无法检测出来的。

有许多类似颜色，但较不昂贵的宝石材料，可作为帕拉伊巴碧玺的替代品，一种是产自巴西和马达加斯加的蓝绿色的磷灰石(apatite)，常被称为〝霓虹磷灰石〞，其折射率值为1.63~1.64，与帕拉伊巴碧玺稍有不同，而折射率差明显较低－0.002~0.008。

不同宝石材料或宝石及玻璃组合的双层石及三层石也可仿冒帕拉伊巴碧玺，透过放大观察可轻易检测出来。

虽然水热法合成碧玺已在实验室中被生产出来，但因质量不佳及高生长成本，故尚未在珠宝市场上见到，火焰法合成尖晶石有时被误称为〝合成碧玺〞来销售，但因其为单折射宝石，折射率值亦较高，故并不难判别。