在現代礦物學發展成熟之前，碧璽的顏色外觀經常讓人將其與其它寶石混淆，與其它寶石比較，碧璽能夠呈現更多令人心動的顏色，歷史上對於碧璽身分的混淆，來自其名稱是源自斯里蘭卡語〝toramolli〞，意指任何無法確定身分的黃色、綠色或褐色寶石。

綠色碧璽的顏色範圍從強綠藍色至綠-黃色。碧璽是雙折射寶石，其折射率差從0.018至0.040，通常為0.020；折射率1.62~1.64；光學特徵為負單軸。

碧璽的二色性顏色通常為與其體色相同色彩的中至強色調，許多寶石晶體的長向較橫向吸收更多的光線，一個寶石晶體從側邊看為淡綠色，但從長向觀察可能為深綠色，有時幾乎是黑色。

許多綠色碧璽的淨度為肉眼觀察乾淨，部份會呈現貓眼現象，經常含有不規則、線狀，單獨存在或交錯排列的液體和氣體的內含物，也可能有似鏡面的氣體填充裂紋，長形中空或有時覆蓋微小礦物晶體的生長管亦是典型內含物。

有些綠色碧璽其豔麗的顏色和典型的小尺寸可作為辨別特徵，由巴西帕拉伊巴省所產，由銅元素致色的鮮豔藍-綠色，通被稱為〝霓虹綠〞，與一般的碧璽相較，它的色彩較飽和，色調較淡。一克拉以上的綠色及藍-綠色帕拉伊巴碧璽是稀有的，且是市場上價值最高的綠色碧璽。由銅雜質致色的類似藍-綠色碧璽亦產自奈及利亞。

利用裂縫填充處理來改善碧璽的淨度外觀已變得較普遍；另一種常見的處理是利用塑料來填補生長管，特別是在具有貓眼現象的寶石上；深綠色的碧璽可能經熱處理來淡化體色，而此種處理結果是無法檢測出來的。

有許多類似顏色，但較不昂貴的寶石材料，可作為帕拉伊巴碧璽的替代品，一種是產自巴西和馬達加斯加的藍綠色的磷灰石(apatite)，常被稱為〝霓虹磷灰石〞，其折射率值為1.63~1.64，與帕拉伊巴碧璽稍有不同，而折射率差明顯較低－0.002~0.008。

不同寶石材料或寶石及玻璃組合的雙層石及三層石也可仿冒帕拉伊巴碧璽，透過放大觀察可輕易檢測出來。

雖然水熱法合成碧璽已在實驗室中被生產出來，但因品質不佳及高生長成本，故尚未在珠寶市場上見到，火焰法合成尖晶石有時被誤稱為〝合成碧璽〞來銷售，但因其為單折射寶石，折射率值亦較高，故並不難判別。